通州区南山寺一期规划用地48、5亩,控制用地100亩。整体建筑按照明清风格设计，分三条轴线，中轴线上设 计建造牌坊、天王殿、放生池、大雄宝殿和万佛殿。东轴线设计建造多宝财神殿、通州塔、观音殿、药师殿和方丈楼。西轴线设计建造帝释殿、地藏殿、极乐水院、极乐楼和藏经楼。目前已经建好的有天王殿、放生池、大雄宝殿、观音殿、钟楼、鼓楼、法物流通处和厢房两幢。正在建设的有帝释殿，多宝财神殿和通州塔，准备开工建设的有牌坊、极乐楼、药师殿等。 通州南山寺始建于明朝，清嘉庆重修，改革开放后为落实宗教政策于80年代中期将金沙双皮桥头总庵更名为南山寺对外开放，92年经通州市民族宗教事务局批准，将人民东路朝阳路口老南山庙作为南山寺下院对外开放，请杭州佛学院毕业生耀来法师主持日常管理工作。94年经通州市政府批准选址通州市开发区盆架桥村易地南迁。 南山寺以药师佛为尊，以琉璃净土为宗，力倡东方药师佛琉璃净土“褔慧双修”的六度法门，朝唱行持，暮思恒守。中国佛教协会会长传印法师欣然题词“药师佛道场，咫尺东天，东方琉璃世界”，并要求南山寺重点打造药师佛道场，坚持人间佛教思想，弘扬药师佛文化，利益群生。