南通天宁禅寺始建于唐朝，是南通年代久，规模较大而又保存较好的一座佛教寺院。它是南通江海地区现存的三座唐寺（狼山广教寺，如皋定慧寺，南通天宁寺）之一，明《万历志》、清《康熙志》皆作这样的记载：“唐咸通中僧藻焕堂建。

旧名光孝天顺元年僧法恩奏改今名。”《乾隆志》作了这样的补充“寺有光孝塔五级，后有毗卢阁。宋咸淳中(约990年—1003年)君人管某建，僧法恩募捐。”这里记载“天顺元年法恩奏改今名”有误，应为善慧。‘管某’，难以评考，僧人曾称为“管公，管婆”，并在金刚殿供奉其像。在咸淳年间，有宋度宗兵部尚书、郡人(一说石港人)印应雷舍其宅入寺（一记管某舍宅入寺）。天宁寺原系奉圣寺，居州治之西政和间（公元1111年—1118年）迁天宁禅寺并入报恩光孝，后以天宁禅寺通称。

对于这座唐寺的建年，说法颇混乱，有说“明宣德年问重建。”有说“始建于北宋。”史书碑文均记载唐咸通或贞观年间。考察这一历史时期，正是唐王朝经济文化发展的鼎盛，佛教在江海地区的空前发展是自然的事.虽然寺院的规模远不似后来的面貌，也应承认它是寺庙始建的最初历史。在漫长萨历史年代，天宁寺有过两次兴盛的记录：一为北宋政和年间，经过并寺营建，使其：“殿堂宏丽，楼阁穹崇，实一州之伟观”“至咸淳间，复新之，比旧则加焉”其时，宋徽宗赵佶御笔题写“大雄之殿”，更为其推波助润,但到明宣德初，天宁寺已是：‘仅存大殿，山门，风雨不支，像护剥落。”后在宣德、正统，天顺、万历、天启年间均有兴修之举，天宁寺迎来第二个中兴期。重振之功首推通州守御陈谦，他捐资请来杭州净缘禅师主持修建事宜，前后四年整修了光孝塔牙大殿、山门，他还主持兴建了园通殿，轮藏殿，醇零楼，其徒善意又于正纪十四年，天顺二年两次兴工修旧补缺，铸造铜像。而且敕赐寺名。成为演习礼仪之所。”《万历通州志》还提到寺有火神庙，祠山庙，毗卢阁等建筑。此外，惠儒等僧人还重建了禅堂，地藏和弥勒殿等，当时通州名士沈明臣，卢纯学，吴熠、汤有光题下“偶翼毗卢阁，遥堪俯大璃”等佳句，咏颂天宁寺的一时盛况。天宁寺东部近代枝学校改建为校舍，西侧的火星殿、水神殿（禹王殿），祖师殿、大意堂为晚清或民国时所建。